La Fondation du Football est une structure autonome, au fonctionnement indépendant, financée par des fonds privés apportés par des mécènes.

Conformément à la démarche juridique de création d'une fondation, elle a, dans un premier temps, un statut d'association loi 1901, dite « Association de Préfiguration de la Fondation du Football ».

Ses principes de fonctionnement sont de :

• Mettre le club amateur et le milieu associatif et bénévole du football au cœur des actions menées,
• Construire ses propres programmes d’actions en les évaluant annuellement et en les faisant évoluer si nécessaire,
• Intervenir en priorité sur le territoire national,
• Associer à la démarche les collectivités territoriales pour aider à pérenniser les actions entreprises.

La Fondation du Football est composée d’un Conseil d’Administration, réunissant des personnalités prestigieuses et diverses, des institutions et des chefs d’entreprise désireux de s'impliquer et de démontrer le rôle social et éducatif du football. Ces personnalités apportent à la Fondation des visions et des expériences complémentaires.
Le Conseil d’Administration est soutenu par un groupe d’experts en charge de la définition des programmes et  du développement d'outils méthodologiques afférents.

Des parrains emblématiques et des partenaires experts sont également associés à la définition des programmes et à leur mise en œuvre sur le terrain.

La Fondation du Football est dirigée au quotidien par Nathalie Boy de la Tour, déléguée générale de la Fondation.